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El análisis de marcadores de ADN STR de Cromosoma Y (haplotipos) se realiza para determinar si dos varones pertenecen al mismo linaje paterno o si por el contrario corresponden a dos individuos no relacionados en la población. Con el análisis de marcadores de ADN STR de Cromosoma Y no se estima la probabilidad de paternidad, sin embargo, este análisis permite excluir la relación entre individuos por línea paterna con el fin de ratificar o de desvirtuar una hipótesis de filiación. Puede ser complemento de una prueba de filiación compleja (ausencia de padre) o puede ser la única alternativa de análisis con las personas disponibles para la prueba de ADN.
El grupo a analizar lo pueden constituir en este caso: abuelo paterno/nieto, tío paterno/sobrino, hermano paterno/hermano, y otras posibilidades dependiendo de los varones disponibles por línea paterna para el estudio.
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